O território do parque está assentado sobre um imenso chapadão, semelhante à forma de uma canastra, um tipo de baú. Daí a origem do nome Serra da Canastra.

O Parque Nacional da Serra da Canastra está localizado no sudoeste do Estado de Minas Gerais, e compreende dois maciços: a Serra de Sete Voltas e a Serra da Canastra, apresentando altitudes que variam de 900 m a 1.496 m.

Uma de suas principais características é a grande riqueza dos mananciais ali encontrados, como o Rio São Francisco. Este que é considerado o rio da integração nacional, com seus 3.000 km de extensão, garante a sobrevivência de milhões de ribeirinhos brasileiros. Suas águas nascem calmas, formando um pequeno filete, e percorrem 14 km até atingir a Serra da Canastra. Nesse ponto, o filete já se transformou num encorpado caudal, precipitando-se com enorme volume, em três quedas de até 200 m de altura.

Por estar situado no divisor de águas das grandes bacias dos rios Paraná e São Francisco, o parque possui uma rede de drenagem muito extensa, formada por pequenos rios e nascentes. Os desníveis do relevo acidentado, com íngremes penhascos, escarpas e paredões circundando o chapadão, proporcionam as grandes surpresas da paisagem. Com dezenas de quedas-d'água de rara beleza, destacam-se a Casca d'Anta, com 186 m de altitude em sua queda principal e a do Rolinho, com 220 m, no córrego de mesmo nome, na face norte do Chapadão do Zagaia.