A vegetação do Parque Nacional de Aparados da Serra é composta por trechos da quase extinta floresta de Araucária, por regiões de campos e de floresta pluvial atlântica. Na primeira predomina o pinheiro-do-paraná, árvore-símbolo do Estado, mas há também aroeiras, carvalhos, braúnas e pinheirinhos-bravos. Nos campos crescem gramíneas, ervas e subarbustos. Na floresta pluvial atlântica encontram-se espécies como a maria-mole e a cangerana, árvores que alcançam até 25 m de altura.

O parque abriga uma razoável variedade de mamíferos, como o leão-baio ou puma, o lobo-guará, o graxaim-do-campo e o veado-campeiro, além de bugios e capivaras. Há também diferentes espécies de aves, três delas ameaçadas de extinção: o gavião-pato, o gavião-pega-macaco e a água-cinzenta, que dividem espaço com o urubu-rei, a gralha-azul e o cuiú-cuiú, além de outros. Entre os répteis estão lagartos, como o teíu, e cobras peçonhentas, como a cascavel e a urutu.